在扁桃核果采收后如果不立即出售或加工时，则需要贮藏。贮藏的效果则取决于核果含水量的大小，贮藏环境相对湿度和温度的高低，贮藏环境大气中氧的含量，贮藏方法的选择等因素。那应该如何贮藏呢？首先可以采用气调库贮藏：釆用这种方法贮藏期长，病虫害轻，商品率高，有利于保持果实品质。扁桃核果对气调的要求相对湿度在65%以下，氧气浓度在0.5%以下，温度0~1°C。如无气调库可利用低温冷库加塑料大帐贮藏。
低温贮藏：需长期贮存的扁桃核果应在低温条件下贮藏。如若扁桃核果量大，可装入麻袋，贮存在0~1°C的低温冷库中，效果最好。量小可将扁桃核果封装入聚乙烯袋中贮存0~5°C的冰箱中，贮期可2年以上。如无冷库，可用塑料薄膜密封贮藏。
还可以采用普通室内贮藏法：将晾杆的扁桃核果，装入布袋或麻袋中，放在通风、干燥的室内贮藏，或装入筐(篓)内堆放在阴凉、干燥、通风、无鼠害、无虫害的地方，并经常上下翻动检査。如果你不想贮藏太长时间，也可以给扁桃果实进行简单加工。
如何给扁桃进行简单加工？
脱皮：扁桃果实采收后经晾晒后，用滚压或木棒敲打等方法，使果肉与果核分开，然后经过簸扬或人工捡核的办法取果核。如仁、果肉兼用品种和利用果肉的，要在扁桃果采收后用人工细心捏取果核，以保持果肉质量。
晒核：脱皮后的果核含有大量水分，应摊放在阳光充足的地方晾晒并不断翻动，5~6天直至核皮干透，摇动时果仁发出响声，即可破核取仁带核晾晒比直接晒果仁好，这样即可使桃仁水分蒸发，又可保持果仁质量。
破核取仁：破核的方法有手工和机械两种。一是手工破核，用右手拇指和食指捏住核桃两肚，用小锤从核棱砸开。注意用力不要太猛，以防将仁砸碎。此法出仁率高，但工效低，每个功能破25公斤左右。还可用挖穴法，挖穴法在砖上火平整的石头上挖若干个小穴，深约半个果核将若干个果核放入小穴内，用破木板敲击果核受震即碎。
也可绳套法，绳套法是用绳索圈成茶杯口大小的绳套，放在平稳的木墩或石板上将一把果核放入绳套中，用硬木或平底石头砸击，果核受震即碎。二是机器压核，压核前，应先将果仁过筛分成大、中、小三等。压核时，通过调整两个压辊间距离，分别按大、中、小三代挤压。压核机形似压面机，有手摇和动力带动两种，每天可压核~公斤。
选仁：选仁是将损伤粒(秕粒、虫蛀粒、伤疤粒、破碎粒、霉坏粒出油粒等)、未破开的小果核及杂质等分开。破核后，仁和皮混在起，可用风车或簸箕先扇去一部分核皮，然后桃选。